بنى عام945 هجرية- 1538 ميلادية وكانت مصر وقتها ولاية عثمانية واليها داوود باشا الخصي 1538-1549م بناه جمال الدين شاهين لوالده الشيخ الصالح العارف بالله شاهين الخلوتى الذي توفى عام 1549م
عند مرورك بطريق الأتوستراد، يجذب نظرك مسجد قديم بأعلى سفح جبل المقطم في منطقة الأباجية التابعة لحي الخليفة بالقاهرة، وعندما تسأل عن كيفية الصعود للمسجد يرشدونك إلى مقابر عمر بن الفارض،ومنها يوجد ممر يصعد بك إلى أعلى الجبل لتدخل إلى مسجد شاهين الخلوتي
المسجد يقع ضمن مجموعة تضم بالإضافة إلى المسجد ضريح و3 مقابر: مقبرة لشاهين الخلوتي ، مقبرة لجمال الدين شاهين ومقبرة لولده محمد شاهين ، اعلى المسجد قطعة رخام مكتوب عليها” بسم الله الرحمن الرحيم أنشأ هذا الجامع ووقفه العبد الفقير الى الله جمال الدين عبد الله نجل العارف بالله الشيخ شاهين “
ولد الشيخ شاهين في إيران ثم رحل الى مصر وكان مقربا السلطان قايتباي وكان كذلك حافظا للقرآن والاحاديث
